Před 25 lety se stal 24. královéhradeckým biskupem Dominik Duka.
Dne 6. 6. 1998 byl papežem Janem Pavlem II. jmenován sídelním biskupem královéhradeckým, následně 26. 9. 1998 přijal biskupské svěcení z rukou arcibiskupa Karla Otčenáška a spolusvětitelů kardinála Miloslava Vlka a apoštolského nuncia arcibiskupa (zesnulého kardinála) Giovanniho Coppy v katedrále Svatého Ducha v Hradci Králové.
Navázal na velkorysou činnost a projekty svého předchůdce arcibiskupa Karla Otčenáška. Sv. Vojtěcha navrhl za třetího patrona diecéze. Založil Diecézní teologický institut a církevní gymnázium ve Skutči. V roce 2002 svolal druhý Diecézní eucharistický kongres. Za jeho působení byla dokončena rekonstrukce Nového Adalbertina, v jehož areálu byla vybudována nová Biskupská knihovna v salla terreně. Též byla rekonstruována historická Biskupská knihovna Biskupství královéhradeckého v rezidenci původně založená biskupem Trautmannsdorfem. Dne 10. 11. 2004 vydal nový statut a jmenoval nové kanovníky Katedrální kapituly při chrámu Svatého Ducha v Hradci Králové. V letech 2000–2004 byl místopředsedou České biskupské konference. Svatým otcem Janem Pavlem II. byl 6. 11. 2004 jmenován apoštolským administrátorem diecéze litoměřické. Tuto funkci vykonával do 22. 11. 2008. V letech 2007–2008 organizoval oslavy 700. výročí katedrály Svatého Ducha, kterému předcházela rekonstrukce vitráží a interiéru katedrály, včetně liturgické úpravy. V letech 2008 a 2009 inicioval „Týden vzájemného poznávání a porozumění“, pastorační aktivitu velkých měst mezi věřícími napříč konfesemi a hledajícími. K 1. 7. 2009 založil Diecézní církevní soud. Královéhradeckou diecézi spravoval jedenáct let, systematicky vypracoval a naplnil diecézní Sedmiletý pastorační program s přípravou pastorace diecéze v novém století.
Dne 13. 2. 2010 byl Svatým otcem Benediktem XVI. jmenován 36. arcibiskupem pražským.