Výraz Zelený čtvrtek pravděpodobně souvisí s německým výrazem greinen (n. grienen) s významem plakat, naříkat.
Změnou hlásek vzniklo pojmenování Gründonnerstag, což se do češtiny přeložilo jako Zelený čtvrtek.
V dopoledních hodinách slaví v každé diecézi biskup s kněžími z celé diecéze mši svatou, při níž se žehnají oleje, které budou používány celý rok při udílení svátostí. Kněží zde také obnovují své kněžské sliby.
Večer se slaví mše svatá na památku Večeře Páně. Připomíná se při ní Poslední večeře, kdy Ježíš ustanovil eucharistii. Na památku Ježíšova gesta, který při večeři také umyl nohy apoštolům, také kněz nebo biskup umývá nohy některým věřícím. Během mše často přestávají zvonit zvony (viz lidové rčení „zvony odlétají do Říma“) a hrát varhany až do sobotní večerní bohoslužby.
Při bohoslužbách se až do soboty místo zvonků používají tzv. klapače. Na vesnicích se často konalo hrkání na připomínku Kristových pašijí.